A török az elfoglalt területeket katonai alapon szervezte meg és osztotta tartományokra. Legnagyobb kormányzati egység a vilajet vagy pasalik volt, amely bégek által igazgatott szandzsákokra oszlott. A szandzsák járásokból, azaz nahiék-ből állt. A szandzsák élére helyezett bég területének katonai ügyeit és közigazgatását intézte, birtokperekben, örökösödési ügyekben a mufti ítélkezett. Kisebb ügyekben a kádi bíráskodott, aki a mufti ítéleteit is végrehajtotta. A csauszok és eminek a közigazgatási és rendőri teendőket töltötték be. A közjövedelmeket a defterdár és kesedár kezelték, hatáskörükbe tartoztak a pénzügyek és adóügyek is.

A megszállott területek minden tekintetben gyökeres változáson estek át. A nyilvános politikai és alkotmányos élet teljesen megszűnt: A földet egész terjedelmében a szultán vette birtokába, egyrésze kincstári birtok lett, a többit pedig hűbérbirtokként fegyveres lovaskatonák kiállításának kötelezettségével a spahik kapták. A nagyobb hűbérbirtokokat ziamet-nek, a kisebbet timár-nak hívták. A hűbérbirtok jobbágyai pénz- és terményadóval tartoztak a spáhinak, aki jövedelmének egyrészét a bégnek és helyőrségének szolgáltatta be. A kincstári birtok közvetlenül a török államkincstárnak adózott, egyes kincstári birtokok jövedelmét főtisztek élvezték, az ilyen birtoknak arpalik volt a neve. A magyar tulajdonos jogát egyes területeken a török meghagyta: ez volt a khasz vagy belbirtok. A khasz ép úgy, mint a közvetlen kincstári birtok, a kincstártól függött.

A budai pasalik szervezése után nemsokára török kézre került Hatvan vára is. Ekkor a török csapatok dulásai és berontásai által sanyargatott nép magánbékét kötött a törökkel, aki adó ellenében arra kötelezte magát, hogy javaikat, jószágaikat nem bántja. A török látszólag békés terjeszkedését nem lehetett megakadályozni, mert a megosztott központi hatalom nem tudta a végeket megvédelmezni. Az 1547-ben kötött békeszerződésben már elismerést nyert a hódoltsági viszony, azt az 1548 : XXIV. t.c. megerősítette, kimondván, hogy a hódoltsági területen élő jobbágyok féladót fizetnek. Külső-Szolnokmegye hódoltsági ügyét is úgy szabályozták, hogy fele adójukat magyar, fele adójukat török részre fizetik. A töröktől megszállt területen ezután már a hatvani és szolnoki bégek engedélyével szedhették be a magyar közegek az adókat és egyéb szolgáltatmányokat.

Szolnok, majd Eger elfoglalása után a török az uralma alá került területen új tartományt szervezett: az egri pasalikot. Ez a Duna-Tiszaközét és a Tiszamelléket ölelte fel és négy szandzsákból állt (egri, hatvani, szolnoki, szegedi). A Jászság a hatvanihoz tartozott, vármegyénk területének többi része a terjedelmes, szinte Debrecen határáig nyúló szolnoki szandzsák része volt. A szolnoki szandzsákbég parancsnoksága alatt állandó török helyőrség (több janicsár-század, tüzérség és lovasság) tartotta megszállva a szolnoki várat.

A balaszentmiklósi erődítményt 1596 után a törökök ismét felépítették és kisebb helyőrségük állomásozott a várban. Jászberény kisebb végvidéki erősség: palánk lett. A karózattal és földhányással körülvett helységben lovasság állomásozott, a ferences zárdát pedig várkastéllyá alakították át. 1594-ben a hatvani vereség után a török helyőrség elmenekült Berényből, a várost pedig felgyujtotta. Berény környékének népe ekkor szétfutott. A pusztává lett vidékre csak 1618 után tudta a török nagy kedvezmények igéretével visszacsalogatni a lakosságot. A helyreállított Berény városát a török ismét palánkkal vette körül, ámde ez 1637-ben elpuszult. Egy rablócsapat dulta fel ekkor Berény városát s nemcsak a város, hanem a palánk is leégett.

A mohamedán lakosság Szolnokon, Berényben, Balaszentmiklóson és kis részben Fegyverneken telepedett le. Túr, Szolnok és Berény a kincstár birtokában maradtak, a többi területet katonai hűbérben osztották ki. A jászsági földeket a berényi palánk, majd a hatvani vár katonái, a tiszamelléki és kunsági községeket a szolnoki helyőrség tisztjei kapták. A török földesúr személye gyakran változott, a gazdacserét pedig mindig a szerencsétlen földnépe sínylette meg, akit a spáhik végletekig zsaroltak. A spáhik nem éltek birtokaikon: a várban vagy a palánkban tartózkodtak és a birtokaik után járó szolgáltatmányokat a falvakban beszedették.

A török részére a zsitvatoroki egyezmény alapján a következő adókat fizette a hódoltsági terület lakossága: minden hódolt keresztény rabszolgaváltság címén iszpendzsét, vagy fejadót fizetett a szultánnak. A birtok után kharadz-adót, minden telek után pedig 50 oszporát róttak le. Terményei hatodát vagy nyolcadát földesurának szolgáltatta be a jobbágy. Tizedet fizettek az állatállomány után, a nyájak, gulyák után csak legeltetési díj járt: egy marha után egy oszpora. Szedték a rendkívüli császári adót: a harácsot is. Ezeken kívül alig volt a gazdasági életnek olyan ága, melyet a török meg ne vámolt volna, vagy olyan életmegnyilvánulás, melyet bírsággal vagy illetékkel ne sujtott volna. Illetéket kellett fizetni a magyar adó beszedéséért, az egyházi épületek, iskolák építéséért és tatarozásáért, minden építkezésért; a kerti veteményekre tizedet vetettek ki. Mindezekhez a terhekhez járult a robotmunkák, kényszerfuvarozások és a közmunkák egész sora.

Az adót, tizedet, sokféle illetéket és bírságot még akkor is kíméletlen szigorral hajtották be a népen, ha a lakosság száma a nagy terhek következtében csökkenni kezdett. A kettős adóteher alatt roskadozó, gyakran mindenéből kifosztott nép végül is megelégelte az elviselhetetlen állapotokat és elmenekült. A XVII. század elején már egészen meggyérült vármegyénk területének lakossága. Különösen megfogyatkozott a Jászság és a Nagykunság népe s így a helységek nagyrésze hovatovább megsemmisült. A virágzó szántóföldek helyén hatalmas pusztasápok keletkeztek.

A kincstári birtokok lakossága kevesebb zaklatásnak és sanyargatásnak volt kitéve, mint a hűbérbirtokok népe s ezért a pusztuló falvak lakossága a kincstári birtokok központjában tömörült. A XVII. sz.-ban a török kincstár növekvő aggodalommal szemlélte az Alföld pusztulását és elnéptelenedését. Az elpusztult helységek népét nagy adókedvezmények ígéretével akarta visszatelepíteni. A jászok és a kunok a XVII. sz. első felében határaikat ismét megszállták. Az elpusztult falvak földjét a megmaradt szomszéd helység szerezte meg. Eleinte csak bérbe vették a török hűbérúrtól, később jogaikat is kiterjesztették a határukba olvasztott területre. A török földesurak szívesen adták bérbe birtokaikat, melyek után adót és terménytizedet nem kellett fizetni. A bérleteken pásztorkodás folyt. A törökvilágban kialakult nagy faluvárosok így életképesek maradtak s biztosították a kincstári birtokokon kialakult nagy települések fennmaradását.

A hódoltság alatt két ura volt a földnek: a török földesúr és a régi birtokos. A török-magyar földesúri viszonyt az jellemzi, hogy a birtokából kiszorított magyar földesúr a maga érdekeit nem tudta megvédeni a birtok török hűbérurával szemben. Az együttgazdálkodásban és közös birtoklásban mindig a török volt a hatalmasabb fél. A magyar földesúrnak birtokával kapcsolatban minden intézkedéshez vagy változtatáshoz meg kellett nyerni a török földesúr-társ beleegyezését. A török máskülönben is gyakran belenyúlt a birtokviszonyokba. (Igy pl. 1678-ban Csorbapuszta egyrészét a keviek tiltakozása ellenére Túrhoz kapcsolták.) A törökkel való kapcsolatot a vármegye nem jó szemmel nézte. A jobbágyok is csak akkor érintkeztek a törökkel, amikor elkerülhetetlen volt. A kettős joghatóságból és földesuraságból eredő összeütközéseket és ellentéteket csak a legritkább esetben sikerült orvosolni.

Adózás tekintetében az az elv alakult ki, hogy egyenlő arányban vetik ki az adót a lakosságra. Ezért, ha a magyar hatóságok új adót vetettek ki a török tudta és beleegyezése nélkül, úgy ez adó beszedését a basák letiltották. Maga a vármegye még az adóügyekben sem érintkezett közvetlenül a törökkel, sérelmeik ügyében rendszerint a nádor járt el. A törvényhatóság minden ügyét a töröktől teljesen függetlenül intézte.

A hódoltsági terület adóügyét az illetékes török hatóságok nagy szigorral intézték. A községek lakosságát lajstromozták, a költözködést pedig engedélyhez kötötték. A pénz- és adóügyek kivételével azonban nem nyúltak mélyebben a nép életébe, legfeljebb a fegyverviselés, ruházat kérdéseit szabályozták.

Vármegyénk és annak lakossága, a földesurak és jobbágyok között sohasem szakadt meg a tényleges kapcsolat. A kapcsolat fenntartását a török nem akadályozta meg. Az ő közigazgatásuk csak a katonai és pénzügyi érdekek biztosítására szorítkozott. A hatalmi érdekkörükön túleső jelenségekkel egyáltalán nem törődtek. Ez a tény magyarázza, hogy a vallási különbség mellett életmód tekintetében is mereven elkülönült a török tőlünk s így a népi életre alig voltak valamiféle átalakító hatással.