Buda eleste után az ország védelmének súlypontja a Középtiszamellékre, főleg Eger várára esett. Eger fenntartásához és ellátásához tehát országos érdek fűződött s Eger részére adóztak a környező vármegyék. Heves-Külső-Szolnokmegye kormányzásában ennélfogva a katonai szempont döntően érvényesült. Hevesmegye örökös főispánjai az egri püspökök voltak, de mivel állandóan távol tartózkodtak, ezért a főispáni tisztet az egri várkapitányok töltötték be. 1596 után igen hosszú időn át csak névleges főispánjai voltak a kettős vármegyének. A Jászság és Nagykunság fölötti fenhatóságot 1560-ig szintén az egri várnagyok gyakorolták; ekkor a Jászság és a Kunság legnagyobb része a gyulai várhoz adózott egészén a vár elestéig.

1582-től az egyesített megyék főispánjai és alispánjai már Külső-Szolnokmegyét is gyakran megemlítik, sokat foglalkoznak e terület részkérdéseivel. 1580-ban Recsky György, 1590-ben pedig Dersy Gábor volt Heves-Külső-Szolnokmegye alispánja.

A XVI. század közepén gyakran tartottak országos adóösszeírásokat. 1552-től kezdve hosszú szünet után már a kishevesi rész is szerepel az összeírásokban, 1565-től kezdve Hevessel együtt írják össze Külső-Szolnokot is. Kisheves-districtus 1552-ben visszakerült Ferdinándhoz, területén ekkor 506 porta volt, a porták száma szerint ez a vidék ekkor még meglehetősen sűrű lakosságú. A népesebb helységek a következők: Fegyvernek 76, Ványa 65, Balaszentmiklós 32, Abád 24, Gyenda 26 és Túrkevi 16 portával. 1552-ben a kishevesi terület még nem adózott a töröknek.

Egervár eleste után lényeges változások következtek be. A vármegye törvényhatósága Rimaszombaton, 1613-tól kezdve pedig Füleken székelt. A főispáni jogkör ekkor visszaszállt az egri püspökökre, ámde sem Szuhay István, sem utódai nem fejtettek ki tényleges főispáni működést (Szuhay után 1616-ig úgy a püspökség, mint a főispánság betöltetlen volt. 1616-25-ig Erdődy János, 1625-33-ig Piber János, 1633-37-ig Losi Imre, 1637-42-ig Lippay György, 1642-48-ig Jakusits György püspökök voltak Heves-Külső-Szolnokmegye főispánjai). E hosszú korszak alatt a törvényhatóság működését sűrű homály fedi. Tudjuk, hogy 1617-ben Szthrucz Ferenc volt az alispán, aki három szolgabíróval látta el a teendőket. 1625 és 1634 között Mocsáry Balázs, 1643 és 1661 között Vámosy István voltak a kettősvármegye alispánjai.

A főispánok Kassán és Jászón tartózkodtak, csak eskütételre jelentek meg a megye székhelyén. A törvényhatóság adminisztrációját ekkor már a törvényhatóság által főispáni jelölés alapján választott alispánok vezették.

A törvényhatóság generális és partikuláris congregatiókat tartott. A fontosabb határozatokat a generális gyűléseken hozták. A gyűlésekre a szolgabírák köröztették a meghívót a nemesek közt. A tisztújító- és számonkérő-szék rendszerint az év elején ült össze. A megye pénzkezelését, rendes kiadásait a sedes sigillaria őrizte ellen, melyben a megye főurai is tagok voltak. A tisztikar tagjai (alispán, szolgabírák, ügyész és jegyző) tiszteletdíjat és egyéb természetbeni illetményeket húztak. A főispán évi tiszteletdíja 100 forint. Esetről-esetre díjazásban részesültek a megye országgyűlési képviselői is. A megye tisztikarát választás útján a közgyűlés töltötte be. A megbizatás egy évre szólt, annak letelte után a tisztikar rite et solemniter a megye rendelkezésére bocsátotta tisztjét. A tisztújító közgyűlés a tisztikart újból megerősítette. A lemondás vagy halálozás által megüresedett helyeket névszerinti szavazással töltötték be. A XVII. sz.-ban túlnyomó többségében protestáns vallású megyei nemesség gyakran összeütközött a főipánnal az alispáni jelölések miatt. A főispánok ugyanis az alispáni tisztségre a protestánsok soraiból rendszerint senkit sem jelöltek, holott a törvény paritásos jelölést írt elő. A kettősvármegye a török hódoltság idejében utolsó közgyűlését Gácson tartotta. 1687-ben már saját területén, Gyöngyösön ült össze a törvényhatóság.

A megye életének legfontosabb eseményei: a tisztújítás; adókivetés, számonkérés, nemesi levelek kihirdetése stb., a közgyűléseken folytak le. A gyűléseken a megyei nemesség kisebb-nagyobb számban jelent meg. Szokásban volt a képviseltetési rendszer is.

Az igazságszolgáltatást a tisztikar gyakorolta az esküdtekkel. A bűnügyekben a vármegyei tisztiügyész képviselte a vádat. A törvénykezés ügyrendjét Heves- és Külső-Szolnokmegye 1670-ben szabályozta. A törvényhatóság hatáskörébe tartozott a gyámsági teendők ellátása is. A törvényhozás által tetemesen kiszélesített hatáskörű megyei törvényszékek illetékessége alá tartoztak a zálogolási és kisebb birtokperek, határigazítási eljárások, büntető ügyek, fenyítő eljárások, boszorkányperek stb. Jobbágyok felett az úriszék ítélkezett, fellebbezési fóruma a megyei törvényszék volt. A bűnügyi vizsgálat során a kínvallatást csak a XVII. sz. végefelé hozták be. Az ítéleteket a megye hajtotta végre.

Heves-Külső-Szolnok vármegye bizonyos adminisztrációs jogokat gyakorolt ebben a korban a Jászság és a Nagykunság felett, ámde ez ellen a jászok és a kunok gyakran tiltakoztak.

A megyei önkormányzat a török uralom idejében is állandóan működött. Csodálatos életerőről és szívósságról tett tanubizonyságot ez az ősi intézmény, mely ebben a korban a magyarság összetartozásának legerősebb kapcsa és biztosítéka volt. Működése az élet csaknem minden viszonylatát felölelte. Az idegen járom alatt sínylődő nép pedig megható szeretettel ragaszkodott régi uraihoz és a megyei intézmény fenntartásáért minden áldozatot meghozott. A megye működése révén a török által elfoglalt megyei terület bizonyos tekintetben mindig Magyarország tényleges része volt, sohasem szakadt ki véglegesen a magyar állam kötelékeiből.